Für eine korrekte Verbuchung der Lohnbuchhaltung in der Finanzbuchhaltung müssen die Kontenpläne beider Systeme abgestimmt sein, wobei fehlende Konten in der FIBU eine Fehlermeldung verursachen. Neue Konten können im Lohnmodul hinzugefügt oder bestehende bearbeitet werden, doch Änderungen im FIBU-Kontenplan sollten zuerst vorgenommen werden, um Inkonsistenzen zu vermeiden. Erscheint ein rotes Ausrufezeichen, muss das Konto manuell im FIBU-Kontenplan von bexio angelegt und anschliessend in der Lohnbuchhaltung aktualisiert werden, bis ein grünes Häkchen erscheint.